Das ärztliche Fachpersonal versieht das E-Rezept mit einer qualifizierten elektronischen Signatur. Anhand der Signatur kann die Apotheke technisch zuverlässig feststellen, wer das E-Rezept ausgestellt hat und ob der Inhalt des E-Rezepts gegebenenfalls unbefugt verändert wurde. Im Unterschied zur handschriftlichen Unterschrift kann die qualifizierte elektronische Signatur praktisch nicht gefälscht werden.